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El virus del SIDA presenta una alta tasa de mutación, lo que se traduce en una elevada variabilidad que dificulta enormemente el diseño de una vacuna que resulte efectiva. Esto es bastante común en los virus, y es lo que obliga por ejemplo a que la vacuna contra el virus de la gripe deba rediseñarse todos los años, dado que la variabilidad del virus hace que la vacuna de un año sea inútil para la cepa del año siguiente. Por ello, la búsqueda de regiones poco variables en la estructura del virus representa una línea de investigación importantísima para poder fabricar vacunas efectivas.

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